Scooby-Doo et ses amis rendent visite à la soeur cadette de Velmy qui étudie à l'Académie Merlin Magic Whirlena. Mais il s'avère que la région semble avoir des ennuis, et que les terres autour de l'école soient dévastées par le Griffon. La bande à Scooby-Doo va donc se frotter à beaucoup plus qu'un simple lapin sortant d'un chapeau pour résoudre ce mystère.